Alguns microrganismos presentes no kefir também possuem potencial probiótico, pois demonstram resistência ao baixo pH e à presença de sais biliares do trato gastrointestinal, podendo chegar vivos ao intestino e também impedir a aderência de bactérias patogênicas na mucosa intestinal. Contudo, ainda que o kefir apresente um bom potencial de ser benéfico à saúde, estudos ainda são necessários para estabelecer mais claramente seus reais efeitos na saúde humana. Na verdade, à luz das pesquisas clínicas, ainda continua sendo um alimento resultante da fermentação de leite, nada mais.